Pese a lo que el nombre nos indica, Javascript no tiene nada que ver con Java. Javascript es un lenguaje de propósito específico, corriendo como parte de un navegador Web, estrictamente del lado del cliente, y es típicamente utilizado para validaciones en formas (nos asegura que los datos estén en el formato correcto antes de enviarlos al servidor a ser procesados), para crear páginas con HTML dinámico y similares.
Javascript desafortunadamente también sufre de tener una gran cantidad de implementaciones no completamente compatibles entre sí. Si bien la especificación del lenguaje es muy clara y --dicen los que saben-- muy elegante, utilizarlo es muchas veces muy problemático por las características que pueden o no estar implementadas en determinado cliente.
Muchas veces veremos que CGIs en Perl generan código Javascript que será ejecutado del lado del cliente.