Su efecto es exactamente el de incluir el texto del archivo a ser incluído en el punto exacto de la ejecución en que es llamado. Citando a la definición de do ([10]), incluir código de esta manera (do 'archivo.pl';) es equivalente (aunque más eficiente) a hacer scalar eval `cat archivo.pl`;. Cada vez que encontramos un do, el archivo es nuevamente evaluado, por lo cual no nos conviene llamarlo desde dentro de un ciclo.
El valor que regresa la inclusión del archivo es el de la última expresión evaluada en el archivo. En caso de no poderlo incluir, el valor retornado será undef, y en la variable especial $! el código de error. En caso de poderlo leer pero de no poder ser compilado exitosamente, recibimos undef, y en la variable $@ recibimos el error.
do es utilizado normalmente para leer archivos de configuración. Robando nuevamente de la documentación ([10]):
unless ($return = do '/usr/local/etc/myconf') {
warn "couldn't parse $file: $@" if $@;
warn "couldn't do $file: $!" unless defined $return;
warn "couldn't run $file" unless $return;
}